重庆增值税专用发票的丢失，往往发生在增值税一般纳税人的经营中。增值税专用发票挂失后，首先要区分发票挂失的责任。属于卖方责任的，由税务机关按规定不予保留发票处罚。属于买受人责任的，应当要求对方出具发票遗失情况说明或者主管税务机关未按规定保管发票的处罚证明，然后按下列情形处理：

一、如果卖方遗失增值税专用发票：

（1）丢失空白但未开具增值税专用发票的，应当按照规定的程序向当地税务机关和公安机关申报损失，并接受税务机关的处罚；主管税务机关代卖方收取“损失登记费”，包括纳税人名称、发票复印件数量，遗失专用发票的票面号码和封皮是否正确，统一传递（邮寄）给中国税务新闻社等税务报刊，刊登《遗失声明书》。

（2）卖方遗失已开具的专用发票的发票联扣联的，应在申报纳税后，向主管税务机关申请开具遗失的增值税专用发票申报单，并将证书复印件和丢失发票的会计联交买方扣减。

（3）如卖方遗失开具的专用发票的扣减联和一联（两联不全遗失），买方可将未遗失的联交主管税务机关鉴证记账，并留存备查。

二、如果买方丢失增值税专用发票：

（1）如果发票在丢失前被证明是一致的，经买方主管税务机关批准，买方可使用卖方提供的增值税专用发票会计复印件和卖方所在地地方主管税务机关出具的增值税专用发票挂失纳税申报证明复印件作为进项税额抵扣凭证。

（2）如在损失发生前未经证明，买方应持卖方提供的相应专用发票记账副本复印件到主管税务机关进行证明。经证明一致的，经买方进项税额抵扣凭证的主管税务机关审核，可视为卖方所在地主管税务机关出具的增值税专用发票纳税申报单。

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